Бердақ номидаги Қорақалпоқ давлат университети Т.Г.Шевченко номидаги Қорақалпоқ давлат педагогика институти асосида 1976 йили ташкил қилинди ва кейинчалик университетга Нукус давлат университети номи берилди.
Қорақалпоғистон Республикаси Жоқарғы Кеңесининг 1992 йили 25 январдаги 274-қарори билан Бердақ номидаги Қорақалпоқ давлат университети деб қайта номланди.
Ўзининг кўп йиллик тарихига эга Қорақалпоқ давлат университети олдинги тайёргарлик бўлими (1934 й.), ўқитувчилар институти (1935 й.), педагогика институти (1944 й.) каби босқичларни босиб ўтган Қорақалпоқ давлат педагогика институти асосида ташкил қилиниб, Республикамиздаги етакчи олий ўқув ўрни бўлиб ҳисобланади.
Янгидан очилган университетга академик Ч.Абдиров (1976-1984 йиллари) ректор бўлиб белгиланди. Ундан кейинги даврда академик М.Нурмухаммедов (1985-1986 йиллари), профессор К.Мәмбетовлар (1986-1988 йиллари) университет ректори лавозимларида ишладилар.
Мустақилликнинг дастлабки йилларидан бошлаб 2005 йилгача профессор Қ.Өтениязов, профессор А.Матчанов (2005-2012 йиллари) университет ректори лавозимида ишладилар. 2013 йилдан бошлаб университет ректори лавозимида Мурат Жуманов иш олиб бормоқда.
Ҳозирги вақтда маънавият ва одоб-ахлоқ тарбиявий ишлари бўйича доцент Б.Матмуратов, ўқув ишлари бўйича доцент М.Ибрагимов, илмий ишлар бўйича профессор М.Тагаев, молия ва иқтисод ишлари бўйича доцент Ж.Алланазаров, академик лицей ва касб-ҳунар коллежлари билан бирга ишлаш бўйича профессор Қ.Оразымбетовлар университет проректорлари лавозимларида фаолият юритишмоқда.
Университет республикамиздагина эмас, бутун Ўзбекистон бўйича фан, таълим ва халқ хўжалигида юқори билимли мутахассислар тайёрлайдиган билим масканларидан бирига айланди.
1990 йилга келиб республикадаги бирдан бир олий ўқув ўрни бўлган Қорақалпоқ давлат университетининг педагогика факультетлари базасида ҳозирги Ажинияз номидаги Нукус давлат педагогика институти, Тошкент давлат ахборот технологиялар университети Нукус филиали, Тошкент аграр университети Нукус филиали ва Тошкент педиатрия институтининг Нукус филиаллари алоҳида бўлиниб чиқди.
Ҳозирги вақтда университетимизда 9 факультет, магистратура бўлимлари ва 41 кафедра бор бўлиб, 47 бакалавр таълим йўналиши ва 20 магистратура мутахассислиги бўйича талаба-ёшларга 700 га яқин профессор-ўқитувчи таълим бермоқда. Ўқитувчиларимиз таркибида 3 нафар академик, 40 нафар фан доктори ва профессорлар, 242 нафар Фан номзодлари ва доцентлар бор. Уларнинг кўпгина илмий ишлари дунёга белгили илмий журналларда эълон қилиниб, ривожланган мамлакатлардаги илмий марказлар Билан алоқаларни кучайтиришмоқда. Натижада, ҳозирги вақтда бир қанча аҳамиятли халқаро, давлат проектлари устида иш олиб боришмоқда. Ўқув жараёнига республиканинг белгили олимлари, катта муассасалар билан ишлаб чиқариш корхоналари бошлиқлари жалб қилинган.
Университет бой моддий-техник базага эга. Олти ўринда ўқиш бинолари бўлиб, ҳар бир талаба учун 13,8 ўқув майдони тўғри келади. 3 та талабалар турар жойлари, маданият саройи, спорт саройи, жиҳозланган ёзги стадион, спорт заллар, кичик типография университетдаги таълим-тарбия, ўқув ва илмий ишларнинг сифатли олиб борилиши учун хизмат қилмоқда.
Университет бой фундаментал ахборот ресурс марказига эга. Бу ерда 550 ўринли 10 ўқув зали бор. Китоб фонди 497530 дона китобни ўз ичига олади.
Қорақалпоқ давлат университети ўзиниг узоқ йиллик фаолияти давомида кўпгина тажрибали мутахассисларни тарбиялаб, халқ хизматига йўналтирди. Университетимизни тамомлаб кетган мутахассис кадрларнинг деярли ҳаммаси Республикамизнинг давлат ва ижтимоиф ташкилотларида меҳнат қилишмоқда.